Sur la zone Marais poitevin et les zones de bocage en bordure, on dénombre actuellement 17 taxa d’amphibiens :

• l’Alyte accoucheur (Alytes obstetricans),
• le Crapaud calamite (Bufo calamites),
• le Crapaud commun (Bufo bufo),
• la Grenouille agile (Rana dalmatina),
• la Grenouille Verte (Rana esculenta),
• la Grenouille Verte Perez (Pelophylax perezi),
• la Grenouille Verte Rieuse (Pelophylax ridibundus),
• la Grenouille rousse (Rana temporaria),
• le Pélobate cultripède (Pelobates cultripes),
• le Pelodyte ponctué (Pelodytes ponctatus),
• la Rainette arboricole (Hyla arborea),
• la Rainette méridionale (Hyla méridionalis),
• la Salamandre tachetée (Salamandra salamandra),
• le Triton de blasius (Triturus cristatus & marmoratus),
• le Triton crêté (Triturus cristatus),
• le Triton marbré (Triturus marmoratus),
• le Triton palmé (Lissotriton helveticus).

et 9 espèces de reptiles :

• la Cistude d’europe (Emys orbicularis),
• la Couleuvre à collier (Natrix natrix),
• la Couleuvre esculape (Elaphe longissima),
• la Couleuvre verte et jaune (Coluber viridiflavus),
• la Couleuvre vipérine (Natrix maura),
• le Lézard vert (Lacerta bilineata),
• le Lézard des murailles (Podarcis muralis),
• l’Orvet fragile (Anguis fragilis Linnaeus),
• la Vipère aspic (Vipera aspis).

Pour les reptiles , depuis plus de 10 ans, il n’y a plus de données de Cistude d’Europe sur la zone humide. A l’échelle de la zone humide, il n’y a pas d’étude en cours. Les connaissances sur les espèces présentes sont issues de différents inventaires dans le cadre de plans de gestion mais aussi en Vendée de l’Atlas des Naturalistes Vendéens, et en Deux-Sèvres et Charente-Maritime, de l’Atlas « Amphibiens - Reptiles » de Poitou-Charentes.

Pour les amphibiens, de 2007 à 2009, un travail de compilation des données existantes et d’inventaires complémentaires a permis de réactualiser les connaissances des années 1990 et d’affiner la répartition des amphibiens sur le marais. Les connaissances ne permettaient pas de définir les tendances d’évolution des amphibiens.
C’est pourquoi, pour répondre à cet objectif, quatre programmes d’études sont en cours :